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| Taxonomy | ID | Rank | Japanese | English |
|---|---|---|---|---|
| Mus musculus | 10090 | species | ハツカネズミ | house mouse, mouse |
1. Mus musculus bactrianus 
| 35531 | subspecies | southwestern Asian house mouse | |
| 2. Mus musculus brevirostris
| 116058 | subspecies | ||
| 3. Mus musculus castaneus
| 10091 | subspecies | クリイロハツカネズミ | southeastern Asian house mouse |
| 4. Mus musculus domesticus
| 10092 | subspecies | マウス | western European house mouse |
| 5. Mus musculus gentilulus
| 80274 | subspecies | ||
| 6. Mus musculus homourus
| 179238 | subspecies | ||
| 7. Mus musculus molossinus
| 57486 | subspecies | Japanese wild mouse | |
| 8. Mus musculus musculus
| 39442 | subspecies | ハツカネズミ | eastern European house mouse |
| 9. Mus musculus musculus x M. m. castaneus
| 477816 | subspecies | ||
| 10. Mus musculus musculus x M. m. domesticus
| 477815 | subspecies | ||
| 11. Mus musculus wagneri
| 46456 | subspecies |